Para frear a perda de fiéis e conquistar novos fora da Europa, a Igreja trabalhou com instrumentos de persuasão e de repressão. A maior expressão deste último foi a reestruturação do Tribunal da Inquisição, responsável por processar e queimar os protestantes considerados hereges. Além disso, com intuito de impedir a divulgação de ideias contrárias ao clero, a Igreja publicou o Index, lista de livros e autores proibidos. Ainda, ela apostou na melhoria dos seminários, fortalecimento das pastorais e apoio às ordens religiosas, como a Companhia de Jesus, que investiu em escolas religiosas e na catequização dos não cristãos, especialmente aqueles dos povos recém- conquistados na América, ou seja, os Indígenas. Esse movimento ficou conhecido como: *