A atividade antimicrobiana da clorexidina provavelmente é atribuída à ligação e subsequente ruptura da membrana citoplasmática, resultando em precipitação ou coagulação de proteínas e ácidos nucléicos. A atividade antimicrobiana imediata ocorre mais lentamente que a dos álcoois, sendo considerada de nível intermediário; seu efeito residual, porém, pela forte afinidade com os tecidos, torna-o o melhor entre os antissépticos disponíveis.
KAWAGOE, J. Y. Produtos utilizados na higienização das mãos. In: ANVISA. Segurança do Paciente em Serviços de Saúde: Higienização das Mãos. Brasília: ANVISA, 2009. p. 39-56.