Basicamente é porque a filosofia é uma grande complicadora, é uma grande destruidora de mundinhos ordenados. Incomodam porque questionam tudo e todos, desde a vida em si até a sociedade e sua organização. Filosofia e Sociologia ensinam a PENSAR. Isso pode incomodar o "status quo".
Na prática, a Filosofia incomoda porque é a ciência que incentiva o uso da razão (pensamento crítico) para questionar os fatos e situações que podem ocorrer em todas as áreas do conhecimento humano.
