Os conflitos com Dom Pedro II se iniciaram quando os bispos brasileiros decidiram acatar ordens do Vaticano quanto a proibição de católicos ligados à maçonaria.
Os bispos, portanto, baniram alguns padres que pertenciam à maçonaria e, além disso, fecharam algumas irmandades maçônicas.
Contudo, D. Pedro II decidiu punir esses bispos por não haverem consultado ele previamente. Os bispos foram presos e obrigados a trabalharem forçadamente.
